Huyện Củ Chi có 21 đơn vị hành chính, bao gồm 1 thị trấn và 20 xã.
- Thị Trấn Củ Chi
- Xã Phú Mỹ Hưng
- Xã An Phú
- Xã Trung Lập Thượng
- Xã An Nhơn Tây
- Xã Nhuận Đức
- Xã Phạm Văn Cội
- Xã Phú Hòa Đông
- Xã Trung Lập Hạ
- Xã Trung An
- Xã Phước Thạnh
- Xã Phước Hiệp
- Xã Tân An Hội
- Xã Phước Vĩnh An
- Xã Thái Mỹ
- Xã Tân Thạnh Tây
- Xã Hòa Phú
- Xã Tân Thạnh Đông
- Xã Bình Mỹ
- Xã Tân Phú Trung
- Xã Tân Thông Hội
Trong đó, Thị trấn Củ Chi là địa chỉ đặt UBND và các cơ quan hành chính của Củ Chi.
